Po dvoch rokoch námah bez výraznejšej odozvy sa situácia začala pomaly meniť k lepšiemu. Na Trnávku dochádzal dp. Jozef Šimončič, vyučoval náboženstvo a v nedeľu a vo sviatky slúžil sv. omšu, tak ako dovtedy v telocvični spomínanej školy. Už v týchto skromných začiatkoch zameral svoju činnosť na mládež a cez už jestvujúce charitatívne organizácie aj na pomoc sociálne slabším. Zintenzívnená pastoračná práca začala prinášať ovocie, najmä v podobe vzrastajúcej účasti a záujmu obyvateľov na bohoslužbách, a tak rozbiehajúce sa dielo zápasilo s naliehavou potrebou priestorov. Aj v tejto veci výrazne pomohol Msgr. Okánik, uskutočňovateľ myšlienky „priniesť Krista na periférie Bratislavy“. Jeho pričinením napokon veľký pozemok pre stavbu chrámu a areál oratória daroval titulárny prepošt z Bojníc, Msgr. Karol Medvecký (1875–1937). Pritom bol veľmi šťastne situovaný medzi Dornkappelskou, Masarykovou a Štúrovou kolóniou. Celá Trnávka mala vtedy približne 8.000 obyvateľov.

Keď don Šimončič, ako organizátor a prvý direktor tunajšieho saleziánskeho diela, predkladal zámer výstavby na posúdenie predstaveným do Turína, odhadoval, že by tu boli potrební aspoň 3 kňazi, 1-2 bohoslovci – asistenti a asi 3 bratia. So spolubratmi a odborníkmi pripravili investičný zámer, samotný projekt vypracoval významný domáci architekt Gabriel Schreiber (1892–1953). Kostol mal byť trojloďový, postavený na spôsob baziliky, zároveň jednoduchý, účelný a moderný. Výsledný projekt funkcionalisticky ladenej stavby je hodný spolutvorcu druhej fázy areálu bratislavského Svoradea a tamojšieho kostolíka sv. Cyrila a Metoda (1928, spolu s Františkom Floriansom) a ďalších chrámových, školských a administratívnych budov po celom Slovensku.

Jednako, pre nedostatok finančných prostriedkov bol projekt prispôsobený na realizáciu chrámu len asi z 2 tretín a budovu ústavu – oratória. Tak mal byť kostol bez veže, vchodu a chóru, o veľkosti len 16,7 x 14,6 m. Aj výstavba ústavu bola zredukovaná, hoci s možnosťou neskoršej nadstavby. Dobudovanie kostola sa plánovalo až o nejakých 10-15 rokov. Slávnostné položenie základného kameňa, za účasti predstaviteľov štátnych úradov, železníc, pôšt a cirkvi, ktorí poskytli aj väčšinu potrebných finančných prostriedkov, vykonal dňa 27. júna 1937 darca pozemku, Msgr. Karol Medvecký. Kostol sa za výdatnej pomoci podnikov a brigádnických prác veriacich podarilo postaviť veľmi rýchlo, takže už 8. decembra 1938 mohol byť daný do užívania.

Už v priebehu výstavby kostola bol vyhotovený aj projekt oplotenia areálu betónovým múrom, ktorý bol v nasledujúcich rokoch aj realizovaný. V areáli plánovali okrem štadióna vybudovať aj športové kabíny, klubovne a moderne zariadenú kolkáreň pre starších. Tak sa postupne zveľaďovalo, areál ale hlavne začal slúžiť. V pastoračnej činnosti v oratóriu boli od začiatku uplatňované hlavné zásady Don Bosca.

S mládežou, ktorá mala prístup do oratória vždy po vyučovaní, sa saleziáni hrali a pri vhodnej príležitosti poúčali a usmerňovali k správnemu ľudskému a kresťanskému životu. Pred odchodom sa všetci zhromaždili v kostole, kde bola krátka formačná náuka, „večerné slovko“ a krátka modlitba. Avšak nielen mládež ale aj ostatní farníci boli podľa stavov zadelení do dobrovoľných združení, kde vyvíjali viaceré aktivity. Okrem toho bývali v sále pod kostolom divadelné a filmové predstavenia a prednášky odborníkov z rôznych oblastí. Oratórium tak okrem oživenia náboženského života prispievalo aj k šíreniu vzdelania a kultúry a v tejto podobe predstavovalo vskutku „kultúrny dom“, ktorý fungoval aj v ťažkých rokoch vojny.

Po oslobodení došlo navyše dňa 6. júla 1945 k erigovaniu samostatnej farnosti na Trnávke, ktorá bola zasvätená a daná do ochrany sv. Jánovi Boscovi. Za krátke obdobie, do roku 1950, usporiadali oratoriáni len v oblasti kultúry 12 celovečerných divadelných hier, 1 operetu, 7 akadémií z príležitosti cirkevných a štátnych sviatkov, 4 rodinné večierky, 3 veselé kabarety a 16 celovečerných filmových predstavení. V športovom klube „ŠK OMLADINA“ fungovali futbalový, volejbalový, stolnotenisový a hokejový odbor. Najväčší úspech dosiahlo dorastenecké futbalové mužstvo v roku 1948, keď sa stalo majstrom Slovenska. Ako píše o. Daniš: „Týmto znovu bola pripútaná mládež, a skrze ňu i rodičia a starší, k poriadnemu kresťanskému životu.“

Dobrým časom, nielen na Trnávke, však malo zakrátko odzvoniť. V rámci likvidácie kláštorov a rehoľných domov boli saleziáni 13. apríla 1950 odsunutí do tzv. „sústreďovacích kláštorov“ a reholi bola zakázaná činnosť. Dobre zorganizovaná, a po materiálnej i duchovnej stránke zabezpečená farnosť, prešla do správy diecézneho kňazstva. V prvom období sa tu vystriedalo viacero kňazov, až 1. januára 1955 ako štvrtý správca fary nastúpil dp. Vincent Malý. Za jeho pôsobenia dali v niekdajšej kancelárii priečkami vytvoriť byt pre farára, nakoľko ostatné priestory farskej budovy zaberala už materská škola. V roku 1957 dal tiež vymaľovať celý kostol, ktorý bol dovtedy vylíčený len vápnom. Akad. maliar Imrich Bárta namaľoval vtedy na steny medzi oknami postavy štyroch moderných svätcov: sv. Pia X., sv. Terezky Ježiškovej, bl. Dominika Sávia a bl. Márie Goretti. Miesto pôvodného obrazu sv. Jána Bosca z roku 1937, ktorý sa dnes nachádza na schodisku vo farskej budove, dal pán farár zhotoviť väčšiu olejomaľbu patróna farnosti ako kľačí pred postavou Panny Márie Pomocnice kresťanov. Pomocou miestnych remeselníkov vybudovali tiež chórus z dreva, na ktorý umiestnili jednomanuálový organ, prinesený sem zo zrušeného kostola na Miletičovej ulici.

Ďalší, v poradí už piaty farár na Trnávke, dp. Félix Petrovič (1926–1984), ktorý nastúpil 1. októbra 1959, prikročil po viacerých rokoch tunajšieho pôsobenia k dokončeniu kostola podľa pôvodného zámeru. Napriek uvoľňujúcej sa spoločenskej atmosfére povolenie k stavbe dostal najmä pre vážny dôvod: nedokončený kostol mal len jeden jediný a aj dosť úzky vchod, ktorý bol navyše spoločný pre kostol, sakristiu i faru, čo nezodpovedalo bezpečnostným predpisom. Dostavba, okrem veže, ktorá nebola povolená, sa realizovala podľa projektu vypracovaného Ing. arch. Gejzom Schulteisom v rokoch 1968 až 1970. Kostol bol južným smerom predĺžený o poldruha modulu (9 m) a ukončený presklenou predsieňou (babinec) a krytou terasou, ku ktorej vedie 12 schodov opatrených zábradlím. V predĺžení kostola bol v celej šírke hlavnej lode postavený masívny chór pre organ a zbor. V rámci týchto prác osadili aj nové lavice, nový obetný stôl, obrátený podľa nových liturgických predpisov tvárou k ľudu a celý kostol vymaľovali. Pod pristavanou časťou kostola dal pán farár Petrovič zariadiť byt pre správcu fary, nakoľko vtedajšie pomery nedovoľovali rozvinúť tu pastoračnú činnosť. Horný, menší byt, plánoval ponechať pre ubytovanie kaplána.